La tolerancia es la aceptación consciente y positiva de las deferencias culturales.
El laicismo de Giner tiene una base liberal y kantiana evidente y no tiene nada que ver con el marximo en cuanto a su crítica a la Iglesia y a la religión. Giner defiendo una educación laica por sus principios liberales, por la defensa de la libertad de cátedra para los profesores y por la defensa de la conciencia moral de los alumnos. El fue siempre un hombre respetuoso y afable y nunca apoyó ni la violencia anticlerical ni al ateismo visceral e irracional. Su concepción de la escuela laica tenía objetivos pacificadores, de búsqueda de consenso y de pacto y nunca de confrontación.
Él pensaba que el hecho religioso debía ser conocido por los niños y jóvenes pero no desde una perspetiva dogmática y confesional. Sabía de la importancia del catolicismo en la configuración de la sociedad y de la cultura española y por ello exigía su conocimiento en el aula, pero se oponía con firmeza a que el adoctrinamiento religioso y moral del catolicismo se impusiese a los niños, violentando su libertad y su conciencia. Su idea era que el Estado debe ser neutral en materia de confesión religiosa y que por lo tanto la escuela debe ser también neutral en materia de confesionalidad. El profundo respeto a la dimensión religiosa del hombre y su tolerancia hacia todas las religiones y hacia todas sus manifestaciones es lo que lleva a Giner a exigir que en las escuelas públicas e incluso en las privadas no haya enseñanza de ninguna religión confesional.
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